Иако додатоците во исхраната можат да помогнат да се надополнат нутритивните недостатоци, нивната ефикасност може значително да се намали ако се земаат заедно со кафе. Кофеинот и одредени соединенија во кафето можат да ја нарушат апсорпцијата на важни витамини и минерали, па така телото не ги искористува целосно нивните придобивки.

Еден од најчувствителните минерали е калциумот, бидејќи кофеинот може благо да ја намали неговата апсорпција и да го зголеми неговото излачување преку урината. Сличен ефект има и врз магнезиумот, кој е важен за мускулите и срцето, а кафето преку диуретски ефект може да придонесе за негово побрзо губење од организмот.

Железото е исто така под влијание на кафето, бидејќи полифенолите во него се врзуваат со минералот и ја отежнуваат неговата апсорпција, особено од растителни извори и додатоци. Цинкот може да биде блокиран поради танините во кафето кои ја намалуваат неговата искористливост во телото.

Витамините од Б групата можат да бидат помалку ефикасни ако се земаат со кафе, бидејќи кофеинот не само што може да ја намали нивната апсорпција, туку и да го зголеми нивното излачување. Слично, витаминот Д може да има намалена ефикасност, што индиректно влијае и на здравјето на коските и имунитетот.

Стручњаците препорачуваат да се направи временска разлика од најмалку еден час помеѓу консумирањето кафе и додатоците во исхраната, или тие да се земаат со оброци во кои нема кафе. Магнезиумот, на пример, често се препорачува да се зема навечер за да се избегне интеракција со кофеинот и дополнително да придонесе за релаксација и подобар сон.

Некои витамини, како А, Ц, Е и К, генерално не се значајно засегнати од кафето и можат да се земаат без поголем ризик од намалена апсорпција.