Намалените врнежи од дожд и снег, заедно со прекумерното зафаќање вода за наводнување, се главните причини за драматичното опаѓање на нивото на Големото Преспанско Езеро. Трилатералната работна група во рамки на проектот „Преспанет III“ анализираше над 120 научни документи. Заклучокот е јасен: теориите за загуба на вода поради тектонски активности или работењето на браната „Кула“ немаат научна основа.
Големото Преспанско Езеро континуирано губи вода од крајот на 20 век. Трендот на опаѓање продолжува со различен интензитет до денес, оставајќи го водостојот значително понизок во споредба со историските просеци. Волуменот на езерото драстично се намали во последните неколку децении. Пониското ниво на водата директно влијае на мрестилиштата за рибите, го менува крајбрежјето и ги суши влажните ливади. Водата за земјоделството станува тешко достапна, а негативните ефекти се чувствуваат и во локалниот туризам.
Научните сознанија посочуваат два клучни фактори за кризата со водостојот. Првиот е долгорочното намалување на врнежите од дожд и снег, особено во влажните сезони, предизвикано од климатската варијабилност. Вториот е зафаќањето вода за наводнување во земјоделството. Официјалните податоци за потрошената вода често покажуваат пониски вредности од реалната состојба, што го отежнува прецизното мерење на овој импакт. Од друга страна, науката категорично ги отфрла шпекулациите за зголемени загуби поради тектонска активност или влијанието на браната „Кула“. За овие објаснувања не постојат убедливи научни докази.
Анализата открива структурни слабости во управувањето со Преспанскиот слив. И покрај обемната научна работа, сознанијата се расцепкани меѓу трите држави кои го делат сливот – Албанија, Грција и Северна Македонија. Повеќето студии се фокусираат само на една држава, занемарувајќи го фактот дека сливот е заеднички систем. Државите користат различни системи за мониторинг, а некаде тие целосно недостасуваат. Податоците често се недостапни или не се јавни. Постои сериозен недостиг на повеќегодишно моделирање со современи хидролошки симулации, при што многу студии се потпираат на застарени методи.