Микробрановата печка овозможува брзо загревање на храната и заштеда на време, но неправилната употреба може да биде опасна. Експертите предупредуваат дека постојат неколку работи кои никогаш не треба да се ставаат во неа, бидејќи можат да предизвикаат оштетување на уредот или да претставуваат ризик за здравјето.

Една од најчестите грешки е загревањето вода. Иако изгледа безопасно, водата може да се прегрее без да почне да врие. При најмало поместување на шолјата или додавање кесичка чај, може нагло да зоврие и да предизвика сериозни изгореници. Затоа, за подготовка на топли напитоци се препорачува користење електричен бокал или шпорет.

Не е безбедно ниту загревањето храна во стиропорски садови. Под влијание на високата температура, стиропорот може да се деформира и да ослободи честички што не се пожелни во храната. Најдобро е храната претходно да се префрли во стаклен или керамички сад.

Металните садови и алуминиумската фолија исто така не треба да се користат во микробранова печка. Металот ги одбива микробрановите, што може да предизвика искрење и трајно оштетување на уредот. Исклучок се само одредени готови производи чие пакување е специјално дизајнирано за употреба во микробранова печка и тоа е јасно означено од производителот.