Маратонското трчање претставува голем физички и психички предизвик, дури и кога за него се подготвувате со месеци. Долготрајниот напор влијае на мускулите, зглобовите, нивото на енергија и расположението, дури и кај добро подготвени спортисти.
За време на маратонот телото работи со максимален интензитет и ги троши резервите на гликоген, што доведува до пад на енергијата, замор и дехидратација. Истовремено се зголемува оптоварувањето на мускулите и доаѓа до нивно микрооштетување, што по трката предизвикува болка и вкочанетост, особено во нозете.
Чести се и грчевите, кои најчесто се резултат на замор, губење течности и електролити. Поради долготрајниот удар при трчање, дополнително се оптоваруваат колената, зглобовите и колковите, а чувството на болка и напнатост е очекувано и кај искусни тркачи.
И покрај физичкиот стрес, маратонот може да предизвика и силно позитивно расположение. За време на трчањето се лачат ендорфини и серотонин, кои создаваат чувство на еуфорија и зголемена енергија, познато како „тркачка еуфорија“. Сепак, по завршувањето на трката, нивото на овие хормони опаѓа, што може да доведе до краткотрајно намалување на расположението.
Истражувањата покажуваат дека тркачите можат привремено да изгубат дел од висината поради дехидратација и притисок врз интервертебралните дискови, но ова се нормализира по рехидратација и одмор. Во текот на маратонот се случуваат и илјадници повторувачки удари кои дополнително ја оптоваруваат кичмата и зглобовите, што објаснува зошто опоравувањето е неопходно.