Во јануари 1991 година, откако веќе беше воведен политичкиот плурализам и по првите повеќепартиски избори, одржани кон крајот на 1990 година, Собранието на Социјалистичка Република Македонија донесе Декларација за суверенитет. Осум месеци подоцна, во август, пратениците одлучија прашањето да го стават директно пред граѓаните и закажаа референдум за 8 септември.
На гласачките ливчиња стоеше прашање составено од два дела. Првиот бараше согласност за суверена и независна македонска држава. Вториот, помалку присутен во подоцнежните сеќавања, ѝ оставаше на новата држава право да влезе во иден сојуз со другите суверени југословенски републики. Токму овој втор дел стана спорна точка за дел од политичките партии.

Речиси 96 отсто гласаа за независност
Од 1.495.807 регистрирани гласачи, на референдумот излегоа 1.132.595, односно 75,72 отсто. За гласаа 1.079.308 граѓани, што претставуваше 96,46 отсто од важечките гласови. Против се изјаснија 39.639 гласачи, или 3,54 отсто.
Значителен дел од етничките Албанци во земјата го бојкотираа референдумот, повикувајќи се токму на делот од прашањето што се однесуваше на сојуз со Југославија. Бојкот спроведоа и дел од Србите во земјата. Четири месеци подоцна, во јануари 1992 година, Албанците во западниот дел на земјата организираа сопствен, неофицијален референдум за територијална автономија, на кој 99 отсто од учесниците гласаа „за“.
Осум дена подоцна, пратениците донесоа декларација за независност
На 17 септември 1991 година, Собранието, повикувајќи се на резултатите од референдумот, донесе Декларација за суверенитет и независност и побара меѓународно признавање на новата држава. Уставот на Република Македонија беше усвоен два месеца подоцна, на 17 ноември 1991 година. Свечениот дел од седницата се одржа три дена подоцна, на 20 ноември.
Киро Глигоров беше избран за прв претседател на самостојна и суверена Република Македонија од страна на Собранието на Република Македонија. Државата монетарно се осамостои со воведувањето на денарот на 26 април 1992, а потоа доби и своја армија, која роденденот го слави на 18 август.
Меѓународното признавање доаѓаше постепено, а не наеднаш. Бугарија прва ја призна независноста, на 15 јануари 1992 година. Турција и Русија следеа истата година, а западноевропските земји чекаа подолго: Белгија, Германија и Италија ја признаа Македонија дури во април 1993 година. Дополнителна пречка беше спорот со Грција околу името на новата држава.
На 8 април 1993 година Македонија стана 181. членка на ООН, но под привремена референца
Македонија беше примена во Обединетите нации на 8 април 1993 година, со акламација во Генералното собрание, како 181. полноправна членка на светската организација. Поради противењето на Грција, зачленувањето беше направено под привремена референца „поранешна југословенска Република Македонија“.
Спорот со Грција траеше уште 25 години, до Преспанскиот договор, потпишан во јуни 2018 година, со кој земјата го промени уставното име во Република Северна Македонија.
35 години независност
Триесет и пет години независност денес одбележува државата која во своите три децении постоење помина многу за да стане држава членка на најголемиот воено-политички сојуз во светот, НАТО и држава кандидат за членка на Европската Унија.
Во триденециниското постоење државата смени три имиња, помина низ воен конфликт, низ ембарго, имаше атентат врз еден претседател и друг загинат во авионска несреќа, помина низ инфлација, приватизација, вето, промена на Устав, бегалска криза, смени на политички партии ….
Во 1995, на 3 октомври се случи и атентатот врз поранешниот претседател Киро Глигоров. Мотивите и сторителот се уште не се познати.

Како последица на кризата во Косово, пролетта 1999 година, во Република Македонија се случи оргормен наплив на бегалци, главно етнички Албанци кои побараа меѓународна заштита во нашата држава. На 02.03.1999 година, Владата на Република Македонија, донесе Заклучок за давање на привремена хуманитарна заштита. Изразено во бројки согласно податоците на МЦМС, УНХЦР и Црвениот Крст, бројката на мигрантите кои влегле во Република Македонија се проценува на околу 360.000 лица.
Oколу 170.000 лица беа сместени кај семејства домаќини, а останатите во бегалски кампови. Сепак бројките постојано варираа.
2001 со сигурност ја смени траекторијата по која државата се движеше до тогаш. Повеќемесечниот оружен конфликт однесе многу животи, а заврши со потпишување на Рамковниот договор на 13 август. Со овој договор требаше да им се стави крај на меѓуетничките тензии.

Три години потоа, во 2004, во авионска несреќа кај Мостар загина претседателот Борис Трајковски. Во несреќата животот го загубија и двајца членови на екипажот и осум членови на кабинетот. Спогодбата за стабилизација и асоцијација, што ги регулира односите на земјата со ЕУ, беше потпишана на 9 април 2001 година. Во 2005 година земјата доби статус на земја кандидат за членство во ЕУ, а во 2008 ипрепорака од Европската комисија за почеток на пристапните преговори со Унијата.
Спогодбата за стабилизација и асоцијација, што ги регулира односите на земјата со ЕУ, беше потпишана на 9 април 2001 година. Во 2005 година земјата доби статус на земја кандидат за членство во ЕУ, а во 2008 ипрепорака од Европската комисија за почеток на пристапните преговори со Унијата.
Спорот со името со Грција се реши со актуелизирање на преговорите помеѓу Скопје и Атина за време на Самитот во Давос во јануари 2018 година. По одржувањето на преговорите за решавање на спорот за името, што се водеа под покровителство на Обединетите нации (ОН), беше постигнат Договорот за решавање на спорот за името и стратешко партнерство познат како Преспански договор, што беше потпишан во месец јуни 2018 година на грчката страна од Преспанското Езеро.

Според овој договор, земјата го смени своето име од Република Македонија во Република Северна Македонија, а по потпишувањето на Договорот следуваа чекорите за неговото спроведување, како што се одржувањето референдум во Северна Македонија, што се одржа во септември 2018 година. Прашањето на референдумот беше „Дали сте за членство во ЕУ и НАТО со прифаќање на Договорот помеѓу Република Македонија и Република Грција?“.
По ова, членството во северноатлантската Алијанса стана реалност. Северна Македонија стана 30 членка на овој сојуз на 27 март 2020 година.

Освен Договорот за решавање на спорот за името со Грција, во август 2017 година беше потпишан и Договорот за пријателство, добрососедство и соработка помеѓу Македонија и нејзиниот источен сосед, Бугарија. Договорот има за цел да ја развие соработката меѓу двете соседни земји, како и да се дојде до усогласување за одредени прашања од историјата. Според Договорот, формирана е Заедничка експертска комисија која треба да постигне согласност за историографските факти и документи што се однесуваат на заеднички историски настани и личности, меѓу кои и за Гоце Делчев.
Пред три години започна скриниг процесот за пристап на земјава во ЕУ, кој е условен со повторна промена на Уставот и вклучување на бугарското малцинство во него. Како црна точка во три децениското постење ќе останат запаметени настаните во Собранието на 27 април 2017 година. На насилство местото не му е во македонското Собрание.
Од осамостојувањето во 1991 година до денес, Македонија помина низ низа тешки несреќи и трагедии кои оставија длабоки траги врз целото општество. Двете авионски несреќи во 1993 година, падот на хеликоптерот кај Блаце, потонувањето на бродот „Илинден“, автобуските несреќи кај Ласкарци и во Бугарија, пожарот во модуларната болница во Тетово и, најтрагично, пожарот во „Пулс“ во Кочани, се меѓу најголемите катастрофи во периодот на независноста.
На 24 јули 1992 година, товарен авион „Антонов Ан-12“ на руската компанија „Волга-Днепр“ се урна во близина на Лисец, кај Тетово, при приближувањето кон скопскиот аеродром. Загинаа сите осум членови на екипажот. Авионот, кој летал кон Скопје, за време на невремето излегол од планираната траекторија. Само неколку месеци подоцна, Македонија беше погодена од две од најтешките авионски несреќи во својата историја. На 5 март 1993 година, „Фокер 100“ на „Палер Македонија“, на летот Скопје–Цирих, се урна веднаш по полетувањето од скопскиот аеродром. Во несреќата загинаа 83 лица, а 14 патници преживеаја.
На 20 ноември истата година, авион „Јак-42Д“ на „Авиоимпекс“, кој летал од Женева кон Скопје, поради лошите временски услови бил пренасочен кон Охрид. Авионот се урна кај Тројани. Загинаа сите 116 лица во авионот – 108 патници и осум членови на екипажот. Со тоа, ова останува најтешката авионска несреќа на територијата на Македонија.
На 20 ноември 1995 година, товарен авион „Антонов“ се урна во близина на скопскиот аеродром при обид да слета во лоши временски услови. Несреќата беше уште еден тежок настан во македонската авијација во деведесеттите. Во текот на воениот конфликт во 2001 година, Македонија се соочи и со повеќе загуби во хеликоптерски несреќи. Една од нив се случи на Попова Шапка, во која загинаа припадници на безбедносните сили.
На 12 јануари 2008 година, во близина на Катлановско Блато, се урна хеликоптер Ми-17 на Армијата на Република Македонија. Загинаа 11 припадници на Армијата, кои се враќаа од мировната мисија во Босна и Херцеговина. Несреќата се случи при густа магла. На 5 септември 2009 година, туристичкиот брод „Илинден“ потона во Охридското Езеро, во близина на автокампот „Елешани“. Загинаа 15 бугарски туристи. Несреќата предизвика голема истрага и отвори сериозни прашања за безбедноста на туристичките пловила на езерото.
На 6 август 2016 година, силно невреме и поројни дождови предизвикаа катастрофални поплави во Скопско. Најтешко беа погодени Сингелиќ, Стајковци, Арачиново и околните населени места. Загинаа 22 лица, а материјалната штета беше огромна.
На 13 февруари 2019 година, автобус на „Дурмо Турс“, кој сообраќаше на релација Скопје–Гостивар, излета од автопатот кај Ласкарци и се преврте. Загинаа 16 лица, а повеќе од 30 беа повредени. Несреќата предизвика голема јавна дебата за техничката исправност на автобусите и безбедноста на патниот сообраќај. Истата година се случи и хеликоптерска несреќа кај Солунска Глава, во која загинаа четири лица. Настанот дополнително ја отвори темата за безбедноста на летовите во тешки планински услови.
На 23 ноември 2021 година, автобус на „Беса Транс“ се запали на автопатот „Струма“ во Бугарија. Во трагедијата загинаа 45 македонски граѓани, меѓу кои 12 деца. Само седум лица ја преживеаја несреќата. Иако се случи надвор од границите на земјата, трагедијата беше една од најголемите што ја погоди Македонија во независниот период.
На 8 септември 2021 година, на Денот на независноста, избувна пожар во модуларната ковид-болница во Тетово. Во трагедијата загинаа 14 лица, меѓу кои пациенти и нивни блиски. Пожарот отвори сериозни прашања за изградбата, материјалите, противпожарната заштита и контролата на објектите во кои беа згрижени пациенти.
На 16 март 2025 година, пожар во кабарето „Пулс“ во Кочани, за време на настапот на групата ДНК, ја потресе Македонија. Пожарот избувна по употреба на пиротехнички средства во објектот. Во трагедијата загинаа 63 лица, а повеќе од 200 беа повредени. Бројот на жртвите е потврден и во официјалните постапки на Јавното обвинителство и од Општина Кочани.
Кочани стана најтешката трагедија поврзана со пожар во независна Македонија и трета по бројот на жртви воопшто, по двете големи авионски несреќи во 1993 година.
Од авионските несреќи до Кочани
Трагедиите во изминатите 35 години имаат различни причини и околности – од авионски и сообраќајни несреќи, преку природни непогоди и падови на воени летала, до пожари во објекти што требало да бидат безбедни за граѓаните.
Но заедничко за сите е човечката загуба. Од 116 жртви во авионската несреќа кај Охрид во 1993 година, преку 83 во несреќата на „Палер Македонија“, до 63-те жртви во Кочани во 2025 година, овие настани останаа меѓу најболно запаметените страници од историјата на независна Македонија.
Но овие 35 години самостојност ќе останат запаметени и по убави настани и спортски успеси. Двојната европска круна на Вардар во ракомет, онаа Кометал Ѓорче Петров уште во 2002, пласманите на кошаркарите и ракометарите меѓу најдобрите пет во Европа, настапот на фудбалерите на ЕП, олимпиското сребро на Дејан Георгиевски во Токио…
35 години самостојност донесоа многу за една мала држава со големи стремежи. Самостојноста и независноста дојдоа со многу жртви, внатрешни превирања, но и со многу убави нешта кои се гордост на државата која и покрај се продолжува да чекори напред.